A la vall del Madriu-Perafita-Claror trobem una varietat de microclimes gràcies a:

– la seva extensió,
– la presència de vessants solanes i obagues, com a conseqüència de la peculiar orientació Est-Oest de la vall,
– l’important gradient altitudinal. Tot això fa que hi hagi molta varietat de sòls i afavoreix la gran varietat d’hàbitats, una gran riquesa de flora, fauna i un paisatge de grans contrastos.

S’han identificat un total de trenta-vuit hàbitats naturals o seminaturals a la vall, cadascun d’ells amb la seva diversitat, flora i fauna característiques. La vegetació es distribueix entre els 3 estatges característics dels Pirineus:

– l’alpí, per sobre dels 2.200 m, on predominen les espècies adaptades als sòls rocallosos i als prats d’alta muntanya. Les dures condicions climàtiques a aquestes alçades no permeten gaire desenvolupament de la vegetació i solament subsisteixen espècies molt resistents;
– el subalpí, entre 1700 i 2200m, amb hi ha predomini de pinedes de pi negre a les zones més obagues, i amb ussona i ginebró a les més solanes. A la zona de Coll Jovell i a l’obac de Ràmio també s’hi troben alguns dels pocs boscos d’avets que queden al Principat;
– el montà, per sota els 1700m, on predominen les pinedes de pi roig junt amb prats de dall aprofitats per la pastura i bosquets d’arbres caducifolis com ara el freixe i el trèmol.