La gran extensió de la vall (4.247 ha), la seva peculiar orientació est-oest (que té com a conseqüència vessants solanes i obagues) i el seu important gradient altitudinal, (1.850 m de desnivell entre el punt més alt (pic de la Portelleta 2.906m) i el més baix (aiguabarreig del Madriu i el Valira d’Orient 1.056 m)), confereixen una important variabilitat climàtica a la vall, amb grans contrastos i una important diversitat biològica en un territori relativament reduït, geogràficament parlant, com la vall del Madriu-Perafita-Claror. La diversitat de sòls és també molt important, el que afavoreix una gran varietat d’hàbitats, una gran riquesa de flora, de fauna i doncs, un paisatge de grans contrastos.

S’han identificat un total de trenta-vuit hàbitats naturals o semi-naturals a la vall, cadascun d’ells amb la seva diversitat, flora i fauna característiques.

La vegetació es distribueix entre els 3 estatges característics dels Pirineus:

De manera esquemàtica, podem considerar que cada estatge correspon a una gran unitat paisatgística:

EL PAISATGE SUPRAFORESTAL- estatge alpí

Domini del desert mineral, prats d’alta muntanya, estanys i les formes espectaculars de la geomorfologia. A l’estatge alpí, l’entorn rocós s’estén per una superfície d’unes 650 hectàrees. A causa del rigor del clima, la coberta vegetal és escassa, però tot i així es troben varietats adaptades a les dures condicions ambientals. Els prats d’alta muntanya estan colonitzats per espècies vegetals perennes, d’arrels poderoses, cicle vegetatiu curt i molt resistents al canvis sobtats de les condicions meteorològiques.

EL PAISATGE DE VESSANTS- estatge subalpí

Domini d’un forest compacte, amb un fort contrast entre l’obaga i la solana, amb corredors d’allaus en els vessants més empinades, que acullen una activitat humana gairebé imperceptible.

El tipus d’arbre dominant als boscos d’Andorra són les coníferes (pins i avets), que ocupen una tercera part del territori i en l’estatge subalpí proliferen de manera natural. En aquest estatge l’espècie que millor s’adapta al rigor del clima és el pi negre. Es tracta d’un arbre capaç de suportar temperatures molt baixes i gruixos de neu considerables. A més, compleix una funció molt important en la fixació de les vessants muntanyoses contra l’erosió dels elements.

A la zona de Ràmio també s’hi desenvolupen alguns dels pocs boscos d’avets que es troben al Principat. Les branques horitzontals dels avets dificulten el pas del raigs solars i fan que els boscos siguin poc adequats per al creixement d’arbustos en el sota bosc. En canvi, s’hi desenvolupen catifes de molsa i plantes herbàcies que aprofiten l’elevada humitat.

A banda dels boscos, l’estatge subalpí acull un tipus d’ecosistema vegetal que, tot i no ocupar una extensió gaire gran, té un gran interès botànic i ecològic. Es tracta dels herbassars megafòrbics, formacions herbàcies altes que s’instal·len en raconades amb sòls rics en nutrients i molt humits. Sovint són tòxiques i tenen fulles i flors grans i força vistoses.

Els matollars d’abarset són abundants i ajuden a fixar el sòl de les tarteres i les zones pedregoses d’alta muntanya, a més de preparar el sòl per al creixement posterior d’altres espècies.

EL PAISATGE DE FONS DE VALL – estatge montà

Traçat pel solc de les aigües, és on trobem la major part dels testimonis del diàleg continuat entre l’home i la natura.

Les rouredes constitueix encara els boscos caducifolis més extensos del Principat. Tot i així, la presència de roures a la vall és relativament escassa. Entre els 1.000 i els 1.600 m hi abunden les arbredes de pi roig, els petits boscos de beços (o bedolls), freixes o trèmols.

El bosc de ribera constitueix un altre tipus de formació vegetal que, tot i ocupar una superfície relativament escassa, és força important per l’equilibri de l’ecosistema forestal. Els boscos de ribera són concentracions lineals que segueixen el curs dels rius i dels torrents. Es distingeixen dos grans tipus de boscos de ribera: la verneda, on predomina el vern; i la salzeda, on abunden el salze blanc, el gatsaule, el gatell i la sarga.

Els matollars predominants són els boixos. Compleixen una funció important en la fixació dels sòls pobres i de poca profunditat, ja sigui en indrets humits on ha desaparegut el bosc, o en llocs pedregosos i costeruts, poc favorables a la colonització d’altres espècies vegetals.

El darrer tipus de vegetació que es troba en l’estatge montà són els prats, originats per l’activitat humana, especialment la ramaderia. Es tracta de terrenys guanyats al bosc i destinats a pastures o a prats de dall. L’abundància de l’aigua i la riquesa del sòl afavoreixen el creixement d’un gran ventall d’espècies. Les herbes més habituals son el fromental, el dàctil i diversos trèvols. També hi creixen algunes flors força vistoses, com la grandalla i el narcís de muntanya.