La calidad de las aguas del valle del Madriu-Perafita-Claror hace que haya una gran variedad de animales que pueblan los ambientes acuáticos y que están amenazados por la fragilidad de su hábitat. Así todas las especies de anfibios presentes en el valle están incluidas en el anexo II del Convenio de Berna, por lo que son especies estrictamente protegidas de las que también se protege su hábitat prohibiendo el deterioro o la destrucción intencionadas de los lugares de reproducción o de sus áreas de reposo.

En las aguas limpias de zonas húmedas, ríos y arroyos encontramos el tritón pirenaico ( Calotriton asper ) endemismo pirenaico amenazado en nuestro país por la pérdida de hábitat. Habitan también en estos ambientes húmedos la salamandra ( Salamandra salamandra ), la rana roja ( Rana temporaria ), y el sapo común ( Bufo bufo ).

En cuanto a los peces (Actino, podemos encontrar aparte de la tortilla común ( Salmo trutta fario ), que es la única especie autóctona y presente en la mayoría de los ríos y estanques, la tortilla irisada ( Onchorhynchus mykiss ), el salmón de fuente ( Salvelinus fontinalis ), y el salmón de fuente ( Salvelinus fontinalis ).