La qualité des eaux de la vallée de Madriu-Perafita-Claror explique la grande diversité d’animaux qui peuplent ses milieux aquatiques et dont l’habitat est fragile, ce qui le rend vulnérable. Ainsi, toutes les espèces d’amphibiens présentes dans la vallée sont inscrites à l’Annexe II de la Convention de Berne, ce qui signifie qu’elles bénéficient d’une protection stricte et que leur habitat est également protégé par l’interdiction de toute dégradation ou destruction intentionnelle de leurs sites de reproduction ou de repos.

Dans les eaux claires des zones humides, des rivières et des ruisseaux, on trouve le triton des Pyrénées ( Calotriton asper ), une espèce endémique des Pyrénées menacée dans notre pays en raison de la destruction de son habitat. La salamandre ( Salamandra salamandra ), la grenouille rousse ( Rana temporaria ) et le crapaud commun ( Bufo bufo ) vivent également dans ces milieux humides.

Quant aux poissons (Actino, on peut trouver, outre la truite commune ( Salmo trutta fario ), qui est la seule espèce indigène et présente dans la plupart des rivières et des étangs, la truite arc-en-ciel ( Oncorhynchus mykiss ), le saumon de ruisseau ( Salvelinus fontinalis ) et le barbeau rouge ( Phoxinus phoxinus ).